ในการเลือกตั้งประธานาธิบดีสหรัฐปี 2503 สมาชิกวุฒิสภาจอห์น เอฟ. เคนเนดี ชนะรองประธานาธิบดีริชาร์ด นิกสัน แม้ไอเซนฮาวร์เคยเตือนเคนเนดีเกี่ยวกับประเทศลาวและเวียดนาม ทวีปยุโรปและละตินอเมริกา "น่ากลัวกว่าทวีปเอเชียในวิสัยทัศน์ของเขา" ในสุนทรพจน์รับตำแหน่งของเขา เคนเนดีปฏิญาณทะเยอทะยานว่า "จะจ่ายทุกราคา แบกรับทุกภาระ เผชิญทุกความยากลำบาก สนับสนุนมิตรทุกคน ต่อกรศัตรูทั้งปวง เพื่อรับประกันความอยู่รอดและความสำเร็จของเสรีภาพ" ในเดือนมิถุนายน 2504 เขาเห็นแย้งอย่างขมขื่นกับนายกรัฐมนตรีโซเวียต นีกีตา ครุชชอฟ เมื่อทั้งสองประชุมในกรุงเวียนนาเพื่อปรึกษาประเด็นสหรัฐ–โซเวียตที่สำคัญ เพียง 16 เดือนให้หลัง วิกฤตการณ์ขีปนาวุธคิวบา (16–28 ตุลาคม 2505) มีการแพร่สัญญาณโทรทัศน์วโลก เป็นช่วงที่สงครามเย็นใกล้บานปลายเป็นสงครามนิวเคลียร์เต็มขั้นที่สุด และสหรัฐเร่งระดับความพร้อมของกองบัญชาการอากาศยุทธศาสตร์ (SAC) เป็นเดฟคอน 2

รัฐบาลเคนเนดียังยึดมั่นกับนโยบายต่างประเทศสงครามเย็นซึ่งรับช่วงจากรัฐบาลทรูแมนและไอเซนฮาวร์ ในปี 2504 สหรัฐมีทหาร 50,000 นายประจำอยู่ในเกาหลี แลัเคนเนดีเผชิญกับวิกฤตการณ์สามส่วน ได้แก่ ความล้มเหลวของการบุกครองอ่าวหมู การก่อสร้างกำแพงเบอร์ลิน และการระงับข้อพิพาทระหว่างรัฐบาลลาวที่นิยมตะวันตกับขบวนการคอมมิวนิสต์ปะเทดลาว วิกฤตการณ์เหล่านี้ทำให้เคนเนดีเชื่อว่าความล้มเหลวอีกครั้งของสหรัฐในการเข้าควบคุมและหยุดการขยายตัวของคอมมิวนิสต์จะสร้างความเสียหายร้ายแรงต่อความน่าเชื่อถือของสหรัฐกับพันธมิตรและชื่อเสียงของเขาเอง ฉะนั้นเคนเนดีจึงมุ่งมั่น "ขีดเส้นในทราย" และป้องกันชัยของคอมมิวนิสต์ในเวียดนาม เขาบอกเจมส์ เรสตันแห่งเดอะนิวยอร์กไทมส์ ทันทีหลังการประชุมกับครุชชอฟในกรุงเวียนนาว่า "บัดนี้เรามีปัญหาในการทำให้อำนาจของเราน่าเชื่อถือและเวียดนามดูเป็นที่แห่งนั้น"

ในเดือนพฤษภาคม 2504 รองประธานาธิบดีสหรัฐ ลินดอน บี. จอห์นสันเยือนกรุงไซ่ง่อนและประกาศอย่างกระตือรือร้นว่าเสี่ยมเป็น "วินสตัน เชอร์ชิลล์แห่งทวีปเอเชีย" เมื่อถามว่าเหตุใดเขาจึงเห็นเช่นนั้น จอห์นสันตอบว่า "เสี่ยมเป็นเด็กคนเดียวของเราข้างนอกนั้น" จอห์นสันประกันการช่วยเหลือเพิ่มเติมในการก่อร่างกำลังรบซึ่งสามารถต่อต้านคอมมิวนิสต์ได้แก่เสี่ยม

นโยบายของเคนเนดีต่อเวียดนามใต้อาศัยสมมติฐานว่าเสี่ยมและกำลังของเขาจำต้องพิชิตกองโจรได้ด้วยตนเอง เขาต่อต้านการวางกำลังรบอเมริกันและสังเกตว่า "การนำกำลังสหรัฐขนานใหญ่ที่นั่นในตอนนี้ แม้อาจมีผลกระทบทางทหารน่าพอใจในทีแรก แทบแน่นอนว่าจะนำไปสู่ผลลัพธ์ทางการเมืองที่เลว และในระยะยาวรวมถึงผลลัพธ์ทางทหารที่เลวด้วย" ทว่า คุณภาพของกองทัพเวียดนามใต้ยังเลวอยู่ ความเป็นผู้นำที่เลว การฉ้อราษฎร์บังหลวง และการเลื่อนยศทางการเมืองล้วนมีส่วนในการทำให้กองทัพเวียดนามใต้อ่อนแอ การโจมตีของกองโจรมีความถี่เพิ่มขึ้นเมื่อการก่อการกำเริบเริ่มได้ที่ แม้การสนับสนุนเวียดกงของรัฐบาลเวียดนามเหนือจะมีส่วนบ้าง แต่ความไร้สามารถของรัฐบาลเวียดนามใต้เป็นศูนย์กลางของวิกฤต

ประเด็นหลักหนึ่งที่เคนเนดียกขึ้นมาคือโครงการอวกาศและขีปนาวุธของโซเวียตล้ำหน้าโครงการของสหรัฐหรือไม่ แม้เคนเนดีเน้นภาวะเสมอภาคขีปนาวุธพิสัยไกลกับโซเวียต แต่เขายังสนใจในการใช้กำลังพิเศษสำหรับการสงครามต่อต้านการก่อการกำเริบในประเศโลกที่สามที่ถูกการก่อการกำเริบคอมมิวนิสต์คุกคาม แม้เดิมตั้งใจใช้หลังแนวหน้าหลังการบุกครองทวีปยุโรปของโซเวียตตามแบบ แต่เคนเนดีเชื่อว่ากลยุทธ์กองโจรที่กำลังพิเศษใช้อย่างกรีนเบอเรต์จะมีประสิทธิภาพในสงคราม "ไฟไม้พุ่ม" ในเวียดนาม

ที่ปรึกษาของเคนเนดี แม็กซ์เวลล์ เทย์เลอร์และวอลต์ รอสตอว์ แนะนำให้ส่งกำลังสหรัฐไปเวียดนามใต้โดยปลอมตัวเป็นคนงานช่วยเหลืออุทกภัย เคนเนดีปฏิเสธความคิดดังกล่าวแต่เพิ่มการสนับสนุนทางทหารอีก ในเดือนเมษายน 2505 จอห์น เคนเนธ กัลไบรธเตือนเคนเนดีถึง "อันตรายที่เราเป็นกำลังอาณานิคมในบริเวณแทนฝรั่งเศส และหลั่งเลือดเช่นเดียวกับที่ฝรั่งเศสเคยมาแล้ว" เมื่อเดือนพฤศจิกายน 2506 มีทหารอเมริกัน 16,000 นายในเวียดนามใต้ เพิ่มขึ้นจากที่ปรึกษา 900 คนในสมัยไอเซนฮาวร์

มีการริเริ่มแฮมเล็ตยุทธศาสตร์ในปลายปี 2504 โครงการร่วมสหรัฐ–เวียดนามใต้นี้พยายามตั้งถิ่นฐานประชากรชนบเข้าค่ายมีป้อมสนาม มีการนำไปปฏิบัติในต้นปี 2505 และมีการบังคับย้ายถิ่นฐาน การกักกันหมู่บ้าน และการแยกออกซึ่งชาวเวียดนามใต้ชนบทบ้างเป็นชุมชนใหม่ซึ่งจะเป็นการแยกชาวนาจากผู้ก่อการกำเริบคอมมิวนิสต์ มีความหวังว่าชุมชนใหม่นี้จะให้ความปลอดภัยแก่ชาวนาและเสริมสร้างความสัมพันธ์ระหว่างชาวนากับรัฐบาลกลาง ทว่า ในเดือนพฤศจิกายน 2506 โครงการเริ่มเสื่อม และยุติอย่างเป็นทางการในปี 2507

วันที่ 23 กรกฎาคม 2505 สิบสี่ประเทศ รวมทั้งจีน เวียดนามใต้ สหภาพโซเวีตย เวียดนามเหนือและสหรัฐลงนามความตกลงให้คำมั่นเคารพความเป็นกลางของประเทศลาว

การขับและลอบฆ่าโง ดิ่ญ เสี่ยม

สมรรถนะอ่อนด้อยของกองทัพเวียดนามใต้มีตัวอย่างจากการปฏิบัติที่ล้มเหลวอย่างยุทธการที่อั๋บบั๊ก (Ap Bac) เมื่อวันที่ 2 มกราคม 2506 ซึ่งเวียดกงกองเล็ก ๆ ชนะการยุทธ์ต่อกำลังเวียดนามใต้ที่ใหญ่กว่าและมียุทโธปกรณ์ดีกว่ามาก นายทหารหลายนายดูไม่เต็มใจเข้าร่วมรบ

ฮวี่ญ วัน กาว (Huỳnh Văn Cao) ผู้บังคับบัญชาเหล่าที่ 4 นายพลที่เสี่ยมเชื่อใจที่สุด นำกองทัพบกสาธารณรัฐเวียดนามในยุทธการนั้น กาวเป็นคาทอลิกซึ่งได้รับการเลื่อนยศเนื่องจากศาสนาและความซื่อสัตย์มากกว่าทักษะ และงานหลักของเขาคือการสงวนกำลังของเขาเพื่อยับยั้งรัฐประหาร ก่อนหน้านี้เขาอาเจียนระหว่างการโจมตีของคอมมิวนิสต์ ผู้กำหนดนโยบายบางคนในรัฐบาลาสหรัฐเริ่มสรุปว่าเสี่ยมไร้สามารถพิชิตคอมมิวนิสต์และอาจตกลงกับโฮจิมินห์ เขาดูกังวลเฉพาะกับการปัดป้องรัฐประหาร และมีความหวาดระแวงมากขึ้นหลังความพยายามในปี 2503 และ 2505 ซึ่งเขาเชื่อว่าสหรัฐส่งเสริมด้วยบางส่วน รอเบิร์ต เอฟ. เคนเนดีหมายเหตุว่า "เสี่ยมจะไม่ยอมผ่อนปรนให้แม้แต่น้อย เขาใช้เหตุผลคุยด้วยยาก ..."

ความไม่พอใจกับนโยบายของเสี่ยมปะทุให้หลังการยิงเหวฺฟัตด๋าน (Huế Phật Đản) เก้าคนซึ่งส่วนใหญ่พุทธศาสนิกชนที่กำลังประท้วงต่อการห้ามธงศาสนาพุทธในวันวิสาขบูชา ทำให้เกิดการประท้วงใหญ่ต่อต้านนโยบายการเลือกปฏิบัติที่ให้เอกสิทธิ์ต่อคริสตจักรคาทอลิกและสาวก พี่ชายของเสี่ยม โง ดิ่ญ ถุ่ก (Ngô Đình Thục) เป็นอาร์คบิชอปแห่งเว้และลบการแยกระหว่างคริสตจักรกับอาณาจักรอย่างก้าวร้าว การเฉลิมฉลองวันครบรอบปีของถุ่กได้รับเงินทุนจากรัฐบาล และมีการแสดงธงวาติกันอย่างเปิดเผย นอกจากนี้ยังมีการรื้อถอนเจดีย์โดยกำลังกึ่งทหารคาทอลิกตลอดการปกครองของเสี่ยม เสี่ยมปฏิเสธผ่อนปรนให้ฝ่ายข้างมากพุทธหรือรับผิดชอบต่อการเสียชีวิตนี้ วันที่ 21 สิงหาคม 2506 กำลังพิเศษ ARVN ของพันเอก เล กวาง ทุง (Lê Quang Tung) ซึ่งภักดีต่อน้องชายของเสี่ยม โง ดิ่ญ ญู (Ngô Đình Nhu) ทำลายเจดีย์ทั่วประเทศเวียดนาม ทำให้เกิดความเสียหายและการทำลายล้างอย่างกว้างขวางและมียอดผู้เสียชีวิตหลักร้อยคน

ข้าราชการสหรัฐเริ่มอภิปรายถึงความเป็นไปได้ของการเปลี่ยนรัฐบาลระหว่างกลางปี 2506 กระทรวงการต่างประเทศสหรัฐโดยทั่วไปเห็นชอบกับการส่งเสริมรัฐประหาร ส่วนกระทรวงกลาโหมยังนิยมเสี่ยมอยู่ การเปลี่ยนแปลงที่มีการเสนอที่สำคัญ ได้แก่ การถอดถอนน้องชายของเสี่ยมคือญู ผู้ควบคุมตำรวจลับและกำลังพิเศษ ซึ่งถูกมองว่าเป็นผู้อยู่เบื้องหลังการปราบปรามชาวพุทธและในภาพรวมเป็นสถาปนิกการปกครองของตระกูลโง ข้อเสนอดังกล่าวมีการถ่ายทอดไปยังสถานเอกอัครราชทูตสหรัฐในกรุงไซ่ง่อนในโทรเลขภายใน 243

สำนักข่าวกรองกลาง (CIA) ติดต่อกับนายพลที่กำลังวางแผนโค่นเสี่ยม พวกเขาได้รับคำบอกว่าสหรัฐจะไม่ขัดขวางการกระทำดังกล่าวหรือลงโทษนายทหารด้วยการตัดการสนับสนุน ประธานาธิบดีเสี่ยมถูกโค่นและประหารชีวิต ร่วมกับน้องชายของเขา ในวันที่ 2 พฤศจิกายน 2506 เมื่อเคนเนดีได้รับแจ้งข่าว แม็กซ์เวล เทย์เลอร์จำได้ว่าเขา "รีบรุดออกจากห้องพร้อมกับมีหน้าตาตื่นตระหนกและหวาดกลัว" เคนเนดีไม่คาดหมายการฆ่าเสี่ยม เอกอัครราชทูตสหรัฐประจำเวียดนามใต้ เฮนรี คาบ็อต ลอดจ์ เชิญผู้นำคณะรัฐประหารไปยังสถานเอกอัครราชทูตและแสดงความยินดี เอกอัครราชทูตลอดจ์แจ้งเคนเนดีว่า "แผนขณะนี้มีสำหรับสงครามระยะสั้นลง" เคนเนดีเขียนจดหมายแสดงความยินดีกับลอดจ์สำหรับ "งานดี"

เกิดความโกลาหลหลังรัฐประหาร รัฐบาลเวียดนามเหนือฉวยโอกาสจากสถานการณ์และเพิ่มการสนับสนุนกองโจร เวียดนามใต้เข้าสู่ระยะความไร้เสถียรภาพทางการเมืองอย่างสูง เมื่อรัฐบาลทหารหนึ่งโค่นอีกรัฐบาลหนึ่งติด ๆ กัน นักคอมมิวนิสต์มองว่ารัฐบาลใหม่แต่ละรัฐบาลเป็นหุ่นเชิดของอเมริกา ไม่ว่าเสี่ยมจะล้มเหลวอย่าไร แต่ข้อยืนยันว่าเขาเป็นนักชาตินิยมนั้นไม่มีข้อโต้แย้ง

มีการส่งที่ปรึกษาทางทหารสหรัฐไปประจำยังกองทัพเวียดนามใต้ทุกระดับ อย่างไรก็ดี ที่ปรึกษาเหล่านี้ถูกวิจารณ์ว่าละเลยสภาพการเมืองของการก่อการกำเริบ รัฐบาลเคนเนดีมุ่งเปลี่ยนการพุ่งความสนใจความพยายามของสหรัฐไปยังการทำให้เกิดสันติและ "การเอาชนะจิตใจ" ของประชากร แต่ผู้นำกองทัพในรัฐบาลอเมริกันเป็นปรปักษ์ต่อบทบาทของที่ปรึกษาสหรัฐนอกเหนือไปจากการฝึกกำลังพลตามแบบ พลเอก พอล ฮาร์คินส์ ผู้บัญชาการกองทัพสหรัฐในเวียดนามใต้ ทำนายอย่างมั่นใจว่าจะชนะภายในคริสต์มาสปี 2506 ฝ่าย CIA ไม่ได้มองโลกในแง่ดีเท่านั้น โดยเตือนว่า "เวียดกงยังคงควบคุมชนบทส่วนใหญ่โดยพฤตินัย และเพิ่มความเข้มข้นโดยรวมของความพยายามนั้นอย่างเสมอต้นเสมอปลาย"

เจ้าหน้าที่กึ่งทหารของกรมกิจกรรมพิเศษของ CIA ฝึกอบรมและนำชาวเผ่าม้งในลาวและเข้าสู่เวียดนาม กำลังพื้นเมืองมีจำนวนหลักหมื่นคนและดำเนินภารกิจการปฏิบัติโดยตรง ซึ่งมีเจ้าหน้าที่กึ่งทหารเป็นผู้นำ ต่อกำลังปะเทดลาวคอมมิวนิสต์และผู้สนับสนุนชาวเวียดนามเหนือ CIA ยังดำเนินการโครงการฟีนิกซ์และเข้าร่วมในกองบัญชาการการสนับสนุนทางทหารในเวียดนาม – กลุ่มศึกษาและสังเกต (Military Assistance Command, Vietnam – Studies and Observations Group, ย่อ: MAC-V SOG) ซึ่งเดิมชื่อกลุ่มปฏิบัติการพิเศษ แต่มีการเปลี่ยนชื่อเพื่อวัตถุประสงค์ในการอำพราง